Sin yo tenerlo muy claro tampoco, te comento lo que yo creo que es...
Con ActiveSync lo que haces es sincronizar los datos que tienes en el telefono con los datos que tienes en una carpeta en concreto (Documentos en Omnia II creo que se llama) en tu ordenador. Entonces al sincronizar lo que haces es pasar archivos dell movil a la carpeta del ordenador donde no estan estos archivos y al contrario, archivos que estan en la carpeta del ordenador y no lo estan en el movil, para que tengas lo mismo en el ordenador y en el movil.
Con el modo "almacenamiento masivo" lo que haces es usar el movil como una memoria USB, sin "comprobar" que ordenador y telefono tengan los mismos archivos.